Después de un magnífico partido en casa contra el Barcelona que el Stuttgart, sin embargo, no logró ganar (1-1), fueron eliminados en el Camp Nou. Con dos triunfos, tres empates y una derrota lograron la segunda plaza del grupo, clasificándose así para los octavos de final, donde debían se enfrentará al campeón, Barcelona a finales del invierno. En la DFB-Pokal 2009-10, tampoco avanzaron más allá de los octavos de final, perdiendo ante el Greuther Fürth.
