Fue fundado con la denominación de CD Puerto en 1950 y actualmente juega en Segunda División B. Este equipo tiene como objetivo la formación de jugadores que puedan formar parte del primer equipo cuando el entrenador del mismo lo considere oportuno. En julio de 2017, alemania camiseta mundial el club navarro anunció que rompía toda relación o diplomacia con el club bilbaíno tras el pago de la cláusula de rescisión del contrato del futbolista juvenil Jesús Areso por parte del club vasco.
