Tras la era Irureta, entrenador del «Euro Dépor», el club coincidiendo con la celebración de su centenario en 2006, entra en una etapa de transición caracterizada por una grave crisis económica y las deudas. El Athletic pidió que la final se jugase en terreno neutral, pero finalmente se jugó en Chamartín, campo del club madrileño. En las temporadas 1965-66 y 1966-67 el Athletic logró alcanzar la final de Copa, pero en ambas ocasiones salió derrotado; no fue hasta 1969 cuando el Athletic volvió a proclamarse campeón de Copa.
